Su papel no se limitó a ser la anfitriona de la reunión esa noche del 9 de agosto de 1809, sino que participó activamente, alentando y según testimonios, obligando practicamente a los patriotas conjurados a decidirse a dar el golpe revolucionario al amanecer del día siguiente, cuando alguno planteó la duda sobre la conveniencia de hacerlo.
Hija de Miguel Bermúdez Cañizares, licenciado en Derecho, y de Isabel Álvarez y Cañizares, tuvo tres hermanos: Mariano, José María y María a quienes mencionó en su testamento. Manuela Cañizares la llamaban la heroína de la Independencia ya que ella apoyo vigorosamente la independencia de Quito
A pesar de pertenecer a una familia distinguida; la unión ilegítima de sus padres y el hecho de que su padre no se ocupara de ella, o su espíritu rebede e independiente la obligó a vivir una vida independiente, en la que la lucha por la supervivencia era su primera necesidad. Su amistad con Manuel Rodríguez de Quiroga, por quien sentía una gran admiración y su confianza la llevó a apoyar la causa de la Independencia. En la noche del 9 de agosto de 1809, se llevó a cabo la reunión clandestina, en casa de Manuela Cañizares, en la que se organizarían los eventos para la proclamación del grito libertario, con la asistencia de 38 invitados entre los cuales estaba Juan Pio Montufar, Marquez de Selvalegre, quien fue nombrado Presidente de la Junta Suprema creada para reemplazar el gobierno virreinal.
Más tarde, cuando se produjo la represión militar de la revolución de Quito, Manuela Cañizares debió esconderse por algún tiempo en una hacienda del Valle de los Chillos, mientras en Quito se instauraba el proceso penal contra los sublevados y se pedía pena de muerte para ella al mismo tiempo que era objeto de difamación calificándola de prostituta. Cuando pudo volver a la ciudad, se refugió en casa de unos amigos entrañables, Miguel Silva y Antonia Luna, quienes vivían en el barrio de San Roque.
De su testamento, fechado el 27 de agosto de 1814, se desprende que sus ultimos dias los pasó víctima de las secuelas de un accidente, que era soltera, sin hijos y que se ganaba la vida haciendo encajes, prestando dinero a interés y alquilando ciertos trajes que se utilizaban para fiestas, pero que también tenía una finca en la que criaba ganado.
Los historiadores presumen que murió meses después de hacer su testamento, en 1814. Sobre su muerte, el historiador José Dolores Monsalve señala que ocurrió estando asilada en el convento de Santa Clara de Quito. Otros historiadores señalan que murió escondida, en el Valle de los Chillos
